En 1852 Napoléon III devient propriétaire de la maison de ses ancêtres paternels, mais la demeure est vide de mobilier et en très mauvais état. En 1857, il ouvre un crédit de 20.000 F destiné à la restauration du bâtiment et charge Alexis Paccard, architecte du palais de Fontainebleau de mener les travaux à bien. Paccard va confier à Jérôme Maglioli, peintre, sculpteur et architecte ajaccien, qui travaille également à la Chapelle Impériale, la conduite des travaux dans la Casa Bonaparte. Ainsi Magglioli va entre 1857 et 1860 diriger, et peut être aussi réaliser en partie, la décoration des murs et plafonds de la plupart des pièces de la maison.

Ce décor, passé de mode au XXème siècle, va malheureusement être badigeonné partiellement dans les années 1956-1957. Heureusement, les plafonds, qui étaient voués au même sort, ont pour la plupart échappé au désastre.

Lors de l'agrandissement du musée en 2002-2003, la remise en état de la partie ancienne de la maison va amener la redécouverte partielle par Marie-Lys de Castelbajac, alors misionnée pour restaurer certaines des oeuvres exposées, de ces décors Napoléon III et conduire à l'ouverture de fenêtres témoins de chacun des décors représentés.

La fin de l'année 2006 a été l'occasion de faire réapparaître et de restaurer la totalité du décor de l'ensemble des pièces du second étage, jusqu'alors totalement ignoré du public. Une équipe de restaurateur, sous la conduite de Marie-Lys de Castelbajac, s'est attachée à décaper les 248 m2 de badigeons des années 1950, et de redonner au décor du XIXème siècle une grande partie de son éclat. Cette première tranche de travaux a été poursuivie dans le courant de l'hiver 2007-2008 par la remise en peinture des menuiseries de cet étage qui ont elles aussi retrouvé leurs teintes Second Empire. La bonne découverte de ce dernier chantier aura été la réapparition du décor coloré de l'alcôve de le chambre ou Napoléon aurait passé ses dernières nuits en Corse en 1799. Les teintes du XIXème siècle : rouge et noir pour les boiseries, or et argent pour les couronnes et palmettes qui surmontent l'alcôve, ont pu être remises à jour.

Le printemps 2008 a été aussi l'occasion de déposer, dans la Galerie du 1er étage, le papier peint qui masquait  le décor Napoléon III. Ce décor mis à jour devrait pouvoir être restauré dans le courant de l'hiver 2008-2009.